Atovaquone là một loại thuốc dùng để điều trị hoặc phòng ngừa:

1. Đối với viêm phổi do pneumocystis (PCP),[2][3] nó được sử dụng trong các trường hợp nhẹ, mặc dù nó không được chấp thuận để điều trị cho các trường hợp nặng.
2. Đối với bệnh toxoplasmosis,[4] thuốc có tác dụng chống ngứa và điều trị.
3. Đối với bệnh sốt rét, nó là một trong hai thành phần (cùng với proarinil) trong thuốc Malarone. Malarone có ít tác dụng phụ hơn và đắt hơn mefloquine.[5] Kháng chiến đã được quan sát.[6]
4. Đối với Babia, nó thường được sử dụng kết hợp với azithromycin đường uống.[7]

Trimethoprim/sulfamethoxazole (TMP-SMX, Bactrim) thường được coi là liệu pháp đầu tiên cho điều trị PCP hoặc bệnh toxoplasmosis. Tuy nhiên, atovaquone có thể được sử dụng ở những bệnh nhân không thể dung nạp hoặc dị ứng với các thuốc sulfonamid như TMP-SMX. Ngoài ra, atovaquone có ưu điểm là không gây ức chế tủy, đây là một vấn đề quan trọng ở những bệnh nhân đã trải qua cấy ghép tủy xương.

Atovaquone được dùng dự phòng cho bệnh nhân ghép thận để phòng ngừa PCP trong trường hợp Bactrim chống chỉ định cho bệnh nhân.